手机号码被恶意标记的主要原因包括以下几点：

1、进行垃圾短信、电话骚扰等不良行为，引起用户不满和反感；

2、号码机房、恶意刷单等行为，导致电话频繁骚扰；

3、真的被利用用于诈骗等恶意行为，引起用户投诉和报警。