如果用户发现自己的手机号码被恶意标记，可以尝试以下步骤进行清除：

1、联系标记者：如果标记是由个人进行的，例如误认为用户的电话是骚扰电话或诈骗电话，可以尝试联系标记者，解释清楚情况并请求对方取消标记。

2、投诉反馈：对于恶意标记，用户可以向主要运营商的客服投诉并请求帮助清除标记。通常情况下，运营商会对投诉进行核查，并在确认用户正常使用电话后清除标记。

3、提交申请：使用号码标记取消平台，提交申请，并提供相关证据证明该号码未涉及骚扰电话、诈骗电话等违法活动。需要注意的是，平台只能处理用户提交的合理、真实、有效的申请，并且部分合法的推销电话可能无法去除。尽管如此，提交申请仍然是一种解决恶意手机号码标记的有效途径。

4、寻求法律帮助：如果用户的权益受到恶意标记的侵害，可以寻求法律帮助。用户可以向有关主管部门举报，并报警或起诉标记者，追究其法律责任。

在进行上述操作时，用户应当遵守相关规定并提交真实有效的申请或举报信息。此外，为了防止自己的手机号码被恶意标记，用户可以加强防范，不随意公开手机号码，尽量少接听陌生电话，注意保护个人信息安全。